LICENSE
MANIFEST.in
README.rst
setup.py
neoloop/__init__.py
neoloop/assembly.py
neoloop/callers.py
neoloop/util.py
neoloop.egg-info/PKG-INFO
neoloop.egg-info/SOURCES.txt
neoloop.egg-info/dependency_links.txt
neoloop.egg-info/top_level.txt
neoloop/cnv/__init__.py
neoloop/cnv/correctcnv.py
neoloop/cnv/loadcnv.py
neoloop/cnv/runcnv.py
neoloop/cnv/segcnv.py
neoloop/cnv/simcnv.py
neoloop/data/HMM-model.pkl
neoloop/data/dilution.10K.5.pkl
neoloop/data/dilution.20K.3.pkl
neoloop/data/dilution.25K.3.pkl
neoloop/data/dilution.40K.3.pkl
neoloop/data/dilution.50K.3.pkl
neoloop/data/gm.dilution.expected.10k.pkl
neoloop/data/gm.dilution.expected.20k.pkl
neoloop/data/gm.dilution.expected.25k.pkl
neoloop/data/gm.dilution.expected.40k.pkl
neoloop/data/gm.dilution.expected.50k.pkl
neoloop/data/gm.insitu.expected.10k.pkl
neoloop/data/gm.insitu.expected.20k.pkl
neoloop/data/gm.insitu.expected.25k.pkl
neoloop/data/gm.insitu.expected.5k.pkl
neoloop/data/insitu.ctcf.10k.pkl
neoloop/data/insitu.ctcf.20k.pkl
neoloop/data/insitu.ctcf.25k.pkl
neoloop/data/insitu.h3k27ac.10k.pkl
neoloop/data/insitu.h3k27ac.20k.pkl
neoloop/data/insitu.h3k27ac.25k.pkl
neoloop/data/insitu.h3k27ac.5k.pkl
neoloop/pastis/__init__.py
neoloop/pastis/pastis.py
neoloop/pastis/possion_model.py
neoloop/tadtool/__init__.py
neoloop/tadtool/core.py
neoloop/tadtool/hmm.py
neoloop/visualize/__init__.py
neoloop/visualize/bed.py
neoloop/visualize/bigwig.py
neoloop/visualize/core.py
neoloop/visualize/loops.py
scripts/assemble-complexSVs
scripts/calculate-cnv
scripts/correct-cnv
scripts/neoloop-caller
scripts/neotad-caller
scripts/searchSVbyGene
scripts/segment-cnv
scripts/simulate-cnv