README.md
pyproject.toml
src/checkdyn/__init__.py
src/checkdyn/cli.py
src/checkdyn.egg-info/PKG-INFO
src/checkdyn.egg-info/SOURCES.txt
src/checkdyn.egg-info/dependency_links.txt
src/checkdyn.egg-info/entry_points.txt
src/checkdyn.egg-info/requires.txt
src/checkdyn.egg-info/top_level.txt
src/checkdyn/configs/__init__.py
src/checkdyn/configs/checkpoint_panel.yaml
src/checkdyn/configs/model_config.yaml
src/checkdyn/data/__init__.py
src/checkdyn/data/collector.py
src/checkdyn/data/harmonizer.py
src/checkdyn/data/preprocessor.py
src/checkdyn/data/splitter.py
src/checkdyn/dynamics/__init__.py
src/checkdyn/dynamics/compensation.py
src/checkdyn/dynamics/network_rewiring.py
src/checkdyn/dynamics/paired_analysis.py
src/checkdyn/dynamics/trajectory.py
src/checkdyn/model/__init__.py
src/checkdyn/model/checkpoint_transformer.py
src/checkdyn/model/evaluator.py
src/checkdyn/model/resistance_predictor.py
src/checkdyn/model/trainer.py
src/checkdyn/utils/__init__.py
src/checkdyn/utils/gene_sets.py
src/checkdyn/utils/statistics.py
src/checkdyn/validation/__init__.py
src/checkdyn/validation/biological_validation.py
src/checkdyn/validation/external_validation.py
src/checkdyn/visualization/__init__.py
src/checkdyn/visualization/dynamics_plots.py
src/checkdyn/visualization/paper_figures.py
tests/test_coverage_boost.py
tests/test_data.py
tests/test_dynamics.py
tests/test_model.py
tests/test_utils.py
tests/test_validation.py
tests/test_visualization.py